Membicarakan pesantren tidak lepas dari sejarah panjangnya yang berkaitan erat dengan islamisasi Indonesia. Munculnya pesantren merupakan instrumen masuknya perkembangan Islam di Indonesia. Pesantren telah menjadi bagian dari sistem pendidikan nasional yang memiliki kekhasan tersendiri yang memiliki peran besar dalam pendidikan dan pengajaran sejak sebelum kemerdekaan republik Indonesia hingga kini. Sedangkan bentuk pesantren yang dapat kita lihat saat ini tidak lepas dari masa lalunya, dimana pesantren menjadi warisan umat Islam Indonesia.
Disinilah pesantren dikatakan sebagai tradisi, dimana keseluruhan benda material dan gagasan yang berasal dari masa lalu namun benar-benar masih ada hingga kini dan belum dihancurkan, dirusak atau dilupakan. Tradisi pesantren lahir dari bawah yang melibatkan umat Islam, karena suatu alasan individu tertentu sehingga menemukan warisan historis yang menarik dan tradisi pesantren ini mengandung makna keaslian Indonesia (indigenous).
Tradisi pesantren telah banyak mengalami perkembangan, secara kuantitatif dapat dilihat dari jumlah penganut dan pendukungnya. Setidaknya penganut tradisi pesantren dapat diperkirakan dari perannya dalam bimbingan dan didikan kepada umat Islam Indonesia dari mulai anak-anak sampai orang dewasa. Selain itu, pesantren juga banyak medirikan majelis-majelis taklim dan pengajian kepada berbagai kalangan masyarakat disekitar pesantren itu sendiri, hingga kepada anak jalanan, narapidana, PSK, pecandu narkoba, buruh, lapas, perkantoran, perusahaan dan lain sebagainya. Bahkan pesantren telah melakukan invasi dan bergerak serta bergeser dari pinggiran (pheriferal) ke pusat (center) dimana telah banyak bermunculan pesantren-pesantren di daerah perkotaan.
Arah perubahan lain adalah perkembangan kualitatif yakni perkembangan kadar tradisi pesantren, dimana gagasan simbol dan nilai-nilai tertentu ditambahkan dan yang lainnya ditinggalkan. Perkembangan ini bisa dilihat dari bentuk, sifat dan fungsi pesantren.
Pertama, semakin jelas batasan-batasan fungsi pesantren antara fungsinya sebagai lembaga pendidikan, sosial dan penyiaran agama Islam.
Kedua, fungsinya sebagai lembaga pendidikan terasa semakin menonjol dan semakin maju kearah profesionalisme dibidang pendidikan.
Ketiga, dengan semakin berkembangnya sumber-sumber belajar dan berkembangnya pendidikan formal dalam pesantren, maka semakin beragam (diversifikasi) jenis-jenis pendidikan yang diselenggarakan dan semakin menyatu dengan sistem pendidikan nasional.
Selain itu, fungsi pesantren sebagai lembaga keagamaan (dakwah) dan lembaga sosial serta perannya sebagai pendidikan diniyah (pendidikan agama Islam) telah banyak jenis pendidikan yang diselenggarakan lembaga pesantren, bahkan dalam kasus tertentu pesantren menjadi semacam holding company.
Tradisi pesantren telah menjadi entitas kolektif yang meyakinkan dan memperkuat loyalitas primordial terhadap komunitas pesantren. Pesantren dengan tradisinya telah berperan dalam mempertahankan kemerdekaan republik Indonesia dan mencerdaskan kehidupan bangsa. Potensi-potensi kelembagaan pesantren juga dapat dilihat dari potensi pendidikan, potensi keagamaan (dakwah) dan potensi sosial (kemasyarakatan). Dengan banyaknya jumlah pesantren yang tersebar di Indonesia telah memberikan pelayanan pendidikan kepada jutaan santri. Hal ini tentu membantu program wajib belajar yang sedang dicanangkan oleh pemerintah. Dalam bidang dakwah, pesantren merupakan lembaga amar ma’ruf nahi munkar yang mempunyai peran partisipatif dalam dakwah bil lisan (ucapan) maupun dakwah bil hal (tindakan) dengan terlibat langsung menangani objek dakwah melalui kegiatan-kegiatan yang bersifal sosial ekonomis. Dengan potensinya, pesantren telah banyak mengembangkan pembangunan masyarakat, baik dari pengembangan pendidikan mandiri, pembangunan sosiokultural dan pengembangan sumberdaya kemasyarakatan.
Latar belakang pesantren yang perlu diperhatikan adalah peranannya sebagai alat transformasi kultural yang menyeluruh dalam keidupan masyarakat. Akan tetapi selama pimpinan pesantren serta para santrinya mampu menjadikan dirinya sebagai alternatif yang menarik bagi kemerosotan moralitas, selama itu pula peranan transformasi kultural yang dimilikinya akan tetap mempunyai peluang terbaik di masyarakat. Peranan kultural tersebut akan tetap berfungsi dengan baik apabila pesantren masih didukung oleh seperangkat nilai utama yang senantiasa berkembang didalam dunia pesantren, seperti halnya;
1) cara memandang kehidupan sebagai peribadahan, baik ritus keagamaan maupun pengabdian kepada masyarakat,
2) kecintaan mendalam dan penghormatan terhadap peribadahan dan pengabdian kepada masyarakat itu diletakkan,
3) kesanggupan untuk memberikan pengorbanan bagi kepentingan masyarakat.
Nilai utama pesantren tersebut memungkinkan untuk dipertimbangkan menjadi modal sosial dalam menandingi budaya luar yang dianggap negatif. Pesantren diharapkan mampu menjadi benteng pertahanan akidah dan moral anak bangsa terhadap gelombang ekstremisme dan sekularisme yang dapat memunculkan gerakan-gerakan liberalisme dan fundamentalisme. Selain itu, pesentren menjadi filter dari perubahan sosial yang terus menerus terjadi yang disebabkan oleh pembangunan dan modernisasi baik dalam sektor sosial, ekonomi maupun budaya.
Dalam perjalanannya, pesantren telah melintasi waktu yang sangat panjang berikut pengalamannya yang beraneka ragam dan telah berpartisipasi memecahkan problem umat pada berbagai aspek kehidupan baik pendidikan, dakwah, sosial (politik dan ekonomi), maupun aspek lainnya seperti sosial budaya, sosial religius, pembangunan dan lain sebagainya. Karana peran-peran itulah, pembaruan pesantren diarahkan untuk fungsionalisasi pesentren sebagai salah satu pusat penting bagi pembangunan masyarakat secara keseluruhan.
Dengan posisi dan kedudukannya yang khas, pesantren diharapkan menjadi alternatif pembangunan yang berpusat pada masyarakat itu sendiri (people centered development) dan sekaligus sebagai pusat pengembangan yang berorientasi pada nilai (value oriented development). Sebagaimana fungsi-fungsi tradisional dan pusat-pusat lain seperti halnya pusat penyuluhan masyarakat, pusat pengembangan teknologi tepat guna bagi masyarakat pedesaan, pusat usaha penyelamatan dan pelestarian lingkungan, serta pusat pemberdayaan ekonomi.
Peran dan fungsi pesantren tersebut sampai saat ini masih melekat dan terus dikembangkan serta perlu untuk dijaga keberlangsungannya. Karena tidak salah kalau kemudian pesantren yang banyak bertebaran diberbagai pelosok Indonesia dijadikan sebagai pusat peradaban (center of civilization) dan simbol peradaban (symbol of civilization) Islam Indonesia.